La chiesa, che ha una lunghezza di 10 metri è stata costruita, come anche la Centopietre e la Chiesa di San Giovanni, a Patù, con massi isodomi provenienti dall'antica città messapica di Vereto.

Dalle varie testimonianze storiche le origini risalirebbero al X secolo e sarebbe stata officiata dai monaci Basiliani o Benedettini. La Chiesa si volle edificata per ricordare il passaggio di San Pietro dall'estremo lembo d'Italia, a ricordo della predicazione è anche presente la Croce Pietrina, una colonna che sorge all'ingresso della Basilica di Leuca. Molti gli storici che occupandosi di Leuca hanno parlato della Chiesa di San Pietro.

L'Arditi scrive: "a nord ovest dell'abitato circa un chilometro (oggi sono solo poche centinaia di metri n.d.r.) sorge la cappella di San Pietro che dicesi coetanea della venuta dell'Apostolo in questi luoghi, è dichiarata monumento nazionale di terza categoria sin dal 1871".